Visualización de espectros en SIMCA

En este vídeo comparto el proceso completo que sigo para transformar los espectros NIR que obtengo de los equipos FOSS en un formato compatible con SIMCA, donde pueden tratarse, visualizarse y preprocesarse adecuadamente —aunque en esta ocasión pondremos el foco solo en la visualización de las huellas espectrales.

Cuando comencé mi tesis —hace tres años—, el software de FOSS solo permitía exportar los espectros en formato .nir, lo que complicaba mucho su tratamiento fuera del entorno original.

Hoy, con la llegada de IQX, la nueva versión online del programa, ya es posible exportar en formatos más versátiles.
Aun así, he querido mostrar este flujo “clásico” como un pequeño homenaje al modo en que he tenido que trabajar durante años.

Para que los datos puedan tratarse en SIMCA, utilizo The Spectragryph, un programa gratuito que permite abrir archivos .nir y convertirlos en .csv.

A partir de ahí, transformo el .csv en un libro de Excel y reordeno las columnas para adaptarlas a la estructura que SIMCA necesita:

• Primera columna: etiquetas que identifican cada muestra.
• Segunda columna: etiquetas que definen la clase o grupo.
• Resto de columnas: longitudes de onda (en mi caso, de 400 a 2500 nm cada 0.5 nm, lo que genera unas 4200 columnas de datos).

El archivo se carga en SIMCA, donde se asigna internamente:

• Primary variable: las muestras.
• Secondary variable: las longitudes de onda.
• Class variable: la columna con los grupos definidos.

Durante la importación, SIMCA muestra un nombre genérico para la variable de clase (por ejemplo, en el vídeo “grupo 3”), pero basta con aceptar: la correspondencia con las clases reales se mantiene correctamente.

🌿 En este ejemplo, los espectros corresponden a una hierba aromática procesada en diferentes tamaños de partícula, lo que se corrobora en la visualización de las huellas espectrales en el rango del infrarrojo cercano.

Una vez dentro de SIMCA, los espectros pueden visualizarse y someterse a distintos pretratamientos (SNV, MSC, detrend, derivadas…) tal y como se muestra en el vídeo.

📌 DATO PRÁCTICO:
Cuando se desea aplicar SNV y posteriormente una derivada, es importante tener en cuenta el orden de selección dentro del menú de pretratamientos de SIMCA.
El programa ejecuta los pasos en el orden inverso al de selección, por lo que si quieres que primero se aplique SNV y después la derivada, deberás seleccionar primero la derivada y después SNV.
Solo de este modo los datos se normalizarán correctamente antes de calcular la derivada, evitando errores en el resultado final.

💬 Personalmente, considero que SIMCA no es el entorno más adecuado para la visualización espectral. Aunque me parece una herramienta muy sólida en el tratamiento quimiométrico y en la interpretación multivariante, su representación gráfica resulta limitada en nitidez y flexibilidad frente a otras soluciones homólogas.

¿Conocías SIMCA? ¿Utilizas SIMCA para la visualización de los espectros?  ¿Qué software prefieres para explorar y visualizar espectros antes del modelado?